Fuenlabrada

El actual equipo se fundó en 1975 gracias a la fusión del Club de Fútbol San Esteban, fundado en 1971 y la Agrupación Deportiva Fuenlabrada creada en 1974.​​ La nueva entidad ocupó el estadio municipal de La Aldehuela y su primer presidente fue Juan Francisco Polidura.​ Comenzó a jugar en las categorías regionales y, en paralelo al despegue económico de la localidad, fue subiendo categorías hasta que en la temporada 1985/86 certificó el ascenso a Tercera División.​

Tras un debut complicado, el club invirtió en su plantilla y mejoró los resultados en la competición, hasta que en la temporada 1989/90 finalizó en segunda posición.​ En su primer intento no subió porque perdió una eliminatoria frente al Club Deportivo Móstoles. Al año siguiente repitió puesto y en la campaña 1992/93 consiguió ser campeón de grupo, pero en ninguno de esos intentos logró superar la fase de ascenso.​ Finalmente, subió a Segunda División "B" en la temporada 1993/94 en la que quedó segundo en la temporada regular y ganó su grupo de promoción empatado a puntos con el Bergantiños F. C. pero con mejor diferencia general de goles.​

El Fuenlabrada se mantuvo en Segunda División "B" durante siete temporadas consecutivas, desde 1994 hasta 2001, en las que su mejor posición fue un sexto lugar en el año 1996/97.​ En ese periodo se produjo también la transformación de la entidad en una sociedad anónima deportiva.​​ Después de descender en la campaña 2000/01, permaneció dos temporadas en el grupo madrileño de Tercera División. En el año 2002/03 fue tercero en la temporada regular, pero ascendió tras imponerse en la fase final al Rápido de Bouzas.​ En su segunda etapa en la categoría de bronce permaneció cinco años, desde 2003 hasta 2008.​

El 1 de septiembre de 2011 se inauguró el nuevo campo de la ciudad, el Estadio Fernando Torres con capacidad para 2000 espectadores.​ Tras varios intentos, el Fuenlabrada certificó su ascenso en la temporada 2011/12 como campeón de grupo; aunque perdió en el primer intento frente al Club Deportivo Marino en la eliminatoria entre líderes, aprovechó su segunda opción y se impuso al C. C. D. Cerceda y el Coria C. F.​​

En la Copa del Rey 2017-18 empató 2-2 contra el Real Madrid en el Estadio Santiago Bernabéu con los goles de Luis Milla Manzanares y Álvaro Portilla por parte del Fuenlabrada, siendo el único equipo de la tercera categoría del fútbol español que no cae derrotado en el feudo madridista en un enfrentamiento de Copa del Rey. La marcha de Milla al Club Deportivo Tenerife frenó el vertiginoso ritmo del equipo en la temporada liguera. Esa campaña, caerían eliminados en la segunda eliminatoria del playoff de ascenso ante el filial del Villarreal Club de Fútbol, siendo hasta ese momento su mejor resultado histórico.

En la temporada 2018-19 fue campeón de grupo por primera vez de la Segunda División B de la mano del entrenador Mere Hermoso. Gracias a ello se clasificó para el playoff de campeones por el ascenso, donde el sorteo decidió que se enfrentase al Recreativo de Huelva, al cual superó con un 3-0 en la ida y un empate 1-1 en Huelva, consiguiendo su primer ascenso a Segunda División. Remató la temporada proclamándose campeón de Segunda División B tras superar al Racing de Santander en la final.

Sorprendió en la temporada de su debut en la categoría de plata, llegando a la última jornada dependiendo de sí mismos para entrar en el playoff de ascenso a Primera pero no pudo ser ya que perdió en la última jornada contra el Deportivo de la Coruña por 2-1, acabando la temporada de su debut en octava posición. En la temporada 21/22 descendió de categoría.