Murciélagos FC

El equipo de Murciélagos FC es fundado en el 2008 para jugar en la Segunda y Tercera División. El primer estadio donde jugaron "Los Caballeros de la Noche" es el conocido como "El Coloso del Dique", después llamado Estadio Alfredo Díaz Angulo, ubicado en Guamúchil Sinaloa.

En abril de 2010 se logra la primera liguilla profesional con el equipo de Tercera División, comandado por el Prof. Lorenzo Javier López Balboa y en noviembre del 2011 se logró la segunda liguilla Profesional con el equipo de la Segunda División, de la Liga Premier.

El 22 de diciembre se convierten en campeones de la Liga Premier, los Murciélagos vencieron 2-1 a Coras de Tepic (3-2 en el global) en un dramático juego, y en 2013 peleó para subir al Ascenso MX.

En la final de ascenso, se enfrentaron con Ballenas Galeana, campeón del Clausura 2013, el partido de ida se fue empatado 2-2 y en el de vuelta Ballenas ganó 3-1 y con este resultado Ballenas asciende a la Liga de Ascenso y Murciélagos se queda en la Liga Premier de Ascenso.

Liga de Ascenso

Después de un par de años de haber perdido la final de ascenso, se hace oficial el traslado del Club Irapuato, equipo del Ascenso MX, a la ciudad de Los Mochis, Sinaloa. Como Grupo Faharo era el dueño de ambos equipos, decidió que esta franquicia jugara bajo el nombre de Murciélagos Fútbol Club, por lo que a partir del Apertura 2015 los Murciélagos tuvieron fútbol de Liga de Ascenso y se trasladaron al Estadio Centenario de Los Mochis. El equipo de Segunda División siguió existiendo como filial del equipo de Ascenso MX hasta su desaparición en Clausura 2017.

El club descendió en el Clausura 2018 a la Serie A de México de la Segunda División.

Regreso a Segunda División y problemas económicos

En la primera temporada en Segunda División, el equipo no clasificó a la Liguilla por el Ascenso. Mientras que en el segundo torneo consecutivo en la categoría de bronce, el Murciélagos finalizó en la séptima posición de su grupo, sin embargo, esta temporada fue suspendida por la pandemia de coronavirus.​

Como consecuencia de la pandemia se desató una crisis económica que afectó a varios clubes de la Segunda División de México,​​ entre ellos el Murciélagos, por este motivo, el equipo decidió no tomar parte de la temporada 2020-2021 de la categoría, sin aclarar su continuidad en la FMF, su entrada en la Liga de Balompié Mexicano​ o la desaparición del equipo.​ En la siguiente temporada el club tampoco se inscribió en la Liga Premier o la LBM ni informó ningún tipo de movimiento de disolución.

En mayo de 2022 el equipo fue reactivado y su directiva inició el procedimiento para afiliarse a la Liga Profesional de Fútbol Mexicano, un circuito futbolístico paralelo e independiente de las ligas organizadas por la Federación Mexicana de Fútbol,​ aunque finalmente no se concretó la admisión del equipo en esa liga, por lo que se mantuvo sin actividad.El equipo reinicio su actividad en la Liga profesional Mexicana y se encuentra en la cima del torneo con 9 puntos de 3 partidos disputados.