Tlaxcala FC

Haste el año 2014, la ciudad de Tlaxcala se encontraba representada por el plantel de Linces, sin embargo, para el torneo de Apertura 2014,éste se mudó a Acapulco, reformando Internacional de Acapulco F.C, lo cual no significó la ausencia de una franquicia de fútbol profesional en Tlaxcala, porque Águilas Reales de Zacatecas cedió sus derechos, y junto con el ascendido Tuzos Pachuca mudaron su franquicia a la ciudad de Tlaxcala, para formar el Tlaxcala Fútbol Club. Siendo este equipo es totalmente distinto a Linces. El 13 de agosto se presentó al equipo, y su mote sería "Coyotes", manejados por la administración de Andrés Fassi. El 22 de febrero de 2015 Jugó un Amistoso con Talleres de Córdoba, el cual terminaría 2-2.

El equipo desde su fundación, ha marcado protagonismo en el tercer nivel del fútbol en México, ya que siempre se ha clasificado a la fase de liguilla. En el Apertura 2014 el equipo recién creado se clasifica a la liguilla por el ascenso, esta vez se mide en cuartos de final contra Cruz Azul Hidalgo con el cual pierde en la ida en el estadio 10 de Diciembre por marcador de 1-0. La vuelta se jugó en el Tlahuicole remontando el marcador global, obteniendo la victoria por 2-0 y un global de 2-1 en favor de los Coyotes. En Semifinales enfrenta a Cimarrones de Sonora obteniendo una derrota en el juego de ida por 3-1 y en la vuelta empatar 0-0 con lo que quedan eliminados, siendo a la postre el campeón de este torneo los Potros de la Universidad Autónoma del Estado de México.

En el Clausura 2015 nuevamente clasifica Coyotes a la liguilla con un buen torneo en el cual termina como quinto lugar en la tabla general con 26 puntos. En Cuartos de Final se enfrenta a Loros de la Universidad de Colima, obteniendo un buen resultado en la ida en el estadio Tlahuicole con marcador de 2-0. En la vuelta Coyotes toma un parado muy diferente al partido de ida y eso hace que caiga sorpresivamente de último minuto 2-0 con lo cual Loros obtuvo su pase a semifinal y torneo en el cual se coronaría como campeón.

Para el Apertura 2015 haciendo un exitoso torneo se obtiene el primer lugar general del torneo con 39 puntos. En este torneo el equipo se encuentra en cuartos de final a Pioneros de Cancún. El juego de ida en el Estadio Andrés Quintana Roo el conjunto local se impone 3-1 con lo cual se tornaba complicado el juego de vuelta para los hasta ese momento dirigidos por Ariel Sabater. El juego de vuelta fue muy complicado ya que Coyotes caía 1-0 en el minuto 25, pero un regreso espectacular de Coyotes puso 2-1 las cosas para el fin del primer tiempo. Coyotes solo requería un gol para clasificarse a Semifinales por el criterio de posición en la tabla, y lo obtuvo por la vía del penal al minuto 72 para clasificarse con marcador de 3-1 y global de 4-4 a Semifinales. En Semifinales se encuentra nuevamente en liguilla a los Loros de la Universidad de Colima, obteniendo en el juego de ida un marcador de 1-1 y en la vuelta en el estadio Tlahuicole los Coyotes ganan de último minuto 2-1, con lo que obtienen su pase a la Final. La Final se jugaría ante Potros de la Universidad Autónoma del Estado de México, la cual se jugó primero en la Ciudad de Toluca en el estadio Alberto "Chivo" Córdoba. En este partido el juego terminó 0-0 y con sabor amargo para Coyotes, ya que casi al finalizar el partido se falló una jugada clara mano a mano frente al portero rival. La vuelta se jugaría el 12 de diciembre de 2015 en Tlaxcala en el Estadio Tlahuicole. Con un estadio a reventar, el partido se fue alargando hasta que en un error en la salida entre un defensor y el portero de Coyotes, fue consecuencia en el gol de Potros que al minuto 70 marcaron el único gol, con lo que Potros se coronaría campeón de Liga y Coyotes tuvo que conformarse con el Subcampeonato, siendo hasta ese entonces el mayor logro del equipo y hasta la actualidad la única derrota en juegos oficiales de Coyotes en el Estadio Tlahuicole.

Para el Clausura 2016 el equipo obtiene el 3° lugar general con 34 puntos y cociente de 2.2667; en este torneo solo alcanzó a llegar a cuartos de final al enfrentar a Murciélagos F.C., con marcador en la ida en Guamúchil, Sinaloa de 2-0 en favor de los locales y un 1-1 en el Estadio Tlahuicole, con lo cual el sueño de ser campeón fue nuevamente truncado y, a la postre Murciélagos fuese Subcampeón de dicho certamen, cayendo ante Tampico Madero.

Primer Título Segunda Liga Premier Ascenso

Para Apertura 2016 ante una gran campaña regular se ubican en tercer lugar de la tabla general de este certamen, por lo que respectivamente se enfrenta ante Santos de Soledad de San Luis, venciéndolo de ida con un 1-0, mientras que la vuelta 2-0 a favor de Coyotes. Después le toca enfrentar Cuervos JAP donde la ida quedan con un solitario 0-0, en la vuelta en una grandísima actuación en el Estadio Tlahuicole propinan una goleada ante su rival de 4-0, por lo que la final sería ante Irapuato FC, en donde la ida se disputa en Irapuato, en un ambiente tenso para Coyotes, estos anotan el 1-0 de autor de Víctor Mañon, después cae el 2-0 provocado por un autogol de la localía, Sin embargo la historia cambió en este mismo enfrentamiento cayendo el 2-1 con gol de Salvador Razo, minutos breves después cae el empate ante una media vuelta por parte de Kevin Favela. Minuto después cae un gol por parte de Coyotes, como autor de nuevo Víctor Mañon, pero al final del partido ante un penal dudoso anota Kevin Favela de nuevo, desde punto penal. La vuelta sería en Tlaxcala, donde ante un estadio lleno jugarían lo que sería una gran final que los esperaba. En el transcurso del partido iniciarían ganando los visitantes, no obstante, a minutos antes de agotarse el primer tiempo empatan los Coyotes. En el segundo tiempo anotaría de nuevo los visitantes con gol de Kevin Favela. Pero 4 minutos después vuelve a anotar Coyotes con tiro libre pero considerado autogol por el rebote el balón a un defensa de los visitantes. Después de 30 minutos agónicos de tiempo extra, esto se definía a punto penal donde una grandiosa actuación por parte de Sebastián Fassi y la última anotación en vía punto penal por parte de Víctor Mañon, dejando los penales con marcador unánime de 4-2, así los Coyotes ganarían su primer título de Segunda División en su historia, y además ganar medio boleto rumbo a Ascenso MX.

Segundo Título Segunda Liga Premier Ascenso

Clausura 2017 Termina la temporada Como líder del grupo 3 clasificando a la liguilla para enfrentar en cuartos de final a Inter Playa dejándolo en el camino con un marcador global de 4 - 2, en semifinales derrota a La Piedad con un apretado marcador global de 2 - 1, con esto llega a la final para enfrentar nuevamente como en el torneo anterior a Club Irapuato al cual vuelve a vencer ahora con un marcador global de 4 - 0, de esta forma obtiene su segundo título Segunda LPA, de manera automática lograría su ascenso al Ascenso MX.

Sin embargo por falta de capacidad de su estadio no pudo participar en la temporada 2017-18, de acuerdo a la reglamentación de la liga Ascenso Bancomer MX se le guardará su lugar para que pueda jugar hasta el Apertura 2018, tomando en cuenta que el equipo no puede hacer cambios de sede, se espera haga efectiva esta prórroga en este año ya sea por aumento de la capacidad de su estadio o por la construcción de un nuevo inmueble.​ En mayo de 2018 se le retira su lugar en el Ascenso MX al no lograr la certificación en su estadio para poder jugar el torneo, tras esto, el equipo reactiva su franquicia y continúa jugando en Liga Premier.

Liga de Expansión MX

En abril de 2020 se iniciaron los trámites para convertir el Ascenso MX en una Liga de Desarrollo con el objetivo de rescatar a los equipos de esta liga con problemas financieros y evitar de esta forma la desaparición de la Segunda División en México. El 26 de junio se anunció que tres equipos de la Liga Premier formarían parte de la nueva categoría como invitados,​ siendo el Tlaxcala uno de los candidatos mencionados por la prensa debido a su buen desempeño deportivo y su reciente infraestructura,​ finalmente, el 17 de julio se confirmó la participación del equipo en la Liga de Expansión MX.​ De esta forma, el equipo consiguió el ascenso de categoría que no pudo obtener anteriormente.

El 19 de agosto se presentó el debut del equipo en la nueva liga, en el partido los Coyotes derrotaron de visitante a los Mineros de Zacatecas, por un marcador de 1-2.​ El 2 de septiembre se celebró el primer partido como local, recibiendo a Celaya en la Unidad Deportiva José Brindis de Nanacamilpa, debido a que el Estadio Tlahuicole aún no estaba listo,​ fue hasta el 15 del mismo mes cuando se pudo debutar en su estadio oficial, recibiendo a los Leones Negros de la U. de G., el juego terminó con derrota de 1-3 ante los melenudos.​ El equipo finalizó el torneo regular en la décima posición, por lo que calificó a la etapa de Reclasificación, en esta fase los Coyotes eliminaron al Cancún Fútbol Club tras derrotarlos a domicilio por 1-2, sin embargo, en la ronda cuartos de final el equipo tlaxcalteca fue derrotado por el Atlético Morelia con un marcador global de 5-0.