Venados FC

El club apareció por primera vez en 1988 en la Segunda División de México como los "Venados de Yucatán", su debut fue contra los Azucareros en el estadio Jalisco con derrota para los ciervos con marcador de 2-0. En su primera temporada, la 1988-89, de la mano de Mario Pérez Guadarrama, el equipo logró disputar la gran final de ascenso ante el Potros Neza de Víctor Manuel Vucetich. En el partido de ida celebrado el 8 de julio de 1989 en el Estadio Carlos Iturralde Rivero, el equipo de Potros Neza se alzó con la victoria con gol de Guillermo Cantú. Una semana más tarde, el sábado 15 de julio, se disputó el partido de vuelta en el Estadio Azulgrana, esta vez la victoria fue para los Venados con gol de Alonso "El Güero" Alonso. El ascenso se decidió en un tercer juego celebrado el martes 18 de julio en el Estadio Jalisco, Venados cayó por marcador de 3-0, terminando el global 4-1 a favor de Potros Neza.

Durante las siguientes temporadas el equipo sufrió tres veces un cambio en la presidencia, Jorge Arana Palma le dejó el equipo a Antonio Abraham Xacur quien para la temporada 1991-92 se lo vendió a David Lago Ancona.​ Durante un tiempo, David Lago tuvo un conflicto con Efraín Lugo Ricalde, ya que este último decía que él era el propietario de la franquicia, al final se tramitó una sustitución en el certificado de afiliación y quedó como propietario Lugo Ricalde.​ Durante este tiempo el club se mantuvo estable, quedando casi siempre en los lugares medianos de la tabla general.

En 1994 la Segunda División se transformó en la Primera División 'A'. El primer partido de los Venados en esta nueva división fue el 7 de septiembre de 1994 ante los Caimanes de Tabasco, en el Estadio Olímpico de Villahermosa, Tabasco, el partido terminó empatado a un gol. Las anotaciones fueron concretadas por Salvador Benz por Tabasco y César Márquez por Yucatán. Los Venados iniciaron el partido con Hernán Palet, Ramiro Torres, Carlos Rivas, Martín Cruz, Rubén Cuevas, Jorge Prioti, Hugo Ortiz, Luis Orozco, Gonzalo López, Raúl Paredes y Lorenzo Sáez, bajo la dirección de José Luis Real. La primera victoria del club sucedió el 24 de septiembre de 1994, en el Estadio Olímpico Carlos Iturralde, cuando derrotaron un gol por cero a los Cañeros del Zacatepec tras jugarse la segunda fecha del campeonato. El único gol del partido lo concreto el argentino Lorenzo Sáez.​

En el Invierno del 1998 el club llegó a la final de la Primera División 'A' ante Chivas Tijuana después de derrotar a Correcaminos en cuartos (2-2 global) y a Veracruz en semis (3-1). Tras empatar el partido de ida en Tijuana, los dirigidos por Enrique López Zarza vencieron 1-0 a Chivas Tijuana en el "Carlos Iturralde Rivero" el 20 de diciembre de 1998 y con esto lograron el primer título profesional en la historia de la franquicia. El campeonato le dio la oportunidad al club de disputr la final de Ascenso en 1999 contra el Unión de Curtidores, el marcador global fue de 7-1 a favor de los Curtidores, con esto la franquicia se quedó a la orilla de la máxima categoría por segunda vez en su historia.​​

El equipo siguió peleando por alcanzar el ascenso, pero al final acabó por desaparecer en 2001. Yucatán estuvo durante una temporada sin un equipo de fútbol profesional, hasta que la temporada 2002-03 Antonino "Nino" Costanzo mudó la franquica de Atlético Chiapas a Mérida y la transformó en Atlético Yucatán. Este nuevo equipo no tuvo los resultados deseados y entonces Costanzo decidió regresarlo a Chiapas.​

Tras desaparecer Atlético Yucatán, los hermanos Arturo y Mauricio Millet Reyes querían mantener un equipo de Primera División 'A' en Mérida, motivo por el cual invitaron a Francisco Ibarra de Quevedo, dueño de Nacional Tijuana, a trasladar su franquicia a Mérida, este aceptó y el equipo se convirtió en Mérida Fútbol Club. El primer torneo corto en el que los Venados del Mérida FC participaron fue el Apertura 2003 con el argentino Fernando Aldo Ortiz como entrenador. Al siguiente torneo, el Clausura 2004, el equipo llegó hasta las semifinales ante Dorados de Sinaloa, el partido de ida se jugó el 14 de mayo en el estadio "Carlos Iturralde" y el resultado fue de empate a un gol, con goles de Alejandro Leyva por Mériday del el uruguayo naturalizado mexicano Héctor Giménez por Dorados. El partido de vuelta se jugó el 21 de mayo, en el estadio "Carlos González" de Culiacán, ahí los Dorados, con un doblete de Héctor Giménez, vencieron a los Venados por marcador de 2-0, terminando el global 3-1. En este torneo se tuvo como técnico al yucateco Alonso Diego Molina.

Tras el Clausura 2005, los hermanos Millet anunciaron la venta el equipo a Irapuato, debido a los problemas económicos, derivados de las bajas entradas al estadio y el poco apoyo del gobierno a la organización.​ Un año después, en 2006, el equipo reaparece en la Segunda División y la temporada 2007-08, logró el campeonato de la Segunda División al derrotar a los Loros de la Universidad de Colima en tanda de penales y con esto obtuvo el ascenso a la Primera División 'A'.

Para el torneo Apertura 2008, el equipo decidió unirse a Monarcas Morelia A, que venía de descender y comprar la franquicia de Quéretaro, para beneficio mutuo.​ El equipo se mantuvo en Mérida y Monarcas puso los jugadores.​ En su primer torneo fue eliminado en cuartos de final por el Club Tijuana. En el Torneo Clausura 2009 llegaron a la final y se enfrentaron de nueva cuenta ante Tijuana, Mérida ganó el juego de ida con gol del "Perejita" López y el 24 de mayo, en el juego de vuelta en Tijuana, empataron a ceros lo que fue suficiente para lograr el campeonato de la Primera División 'A'.​ Mérida disputó la final por el ascenso ante Querétaro, en el juego de ida perdieron 2-1, mientras que en el juego de vuelta logran un marcador de 1-0 a favor con un golazo de Pedro Luis Beltrán, lo que los llevó a tiempos extras, tras no haber goles, el encuentro se tuvo que definir en penales, donde Gallos se impuso 5-4, perdiendo así la oportunidad del ascenso.​

Durante diciembre de 2010 y enero de 2011, se gestionó un cambio de franquicias entre las filiales de Monarcas Morelia y Atlante, como resultado de esto, Mérida F.C. fue trasladada a Nezahualcóyotl y se transformó en Toros Neza, mientras que Atlante UTN fue enviada a Mérida y se transformó en "Club de Fútbol Mérida".​ Durante el Clausura 2011 el equipo fue administrado por Grupo Pegaso.​ De cara al Apertura 2011, Fernando San Román Cervantes compró la franquicia a Grupo Pegaso,​ y Juan Manuel Noya fue el seleccionado para tomar la presidencia del equipo.​

Para el Clausura 2015 Juan Manuel Noya dejó el cargo de presidente del club y en su lugar llega el Lic. Rodolfo Rosas Cantillo.​ Para el Apertura 2015, la institución cambió su nombre de Club de Fútbol Mérida a Venados Fútbol Club, esto sucedió debido a que se buscó que la franquicia se enlazara más con el estado, Yucatán y no sólo en la ciudad, Mérida.​​