La selección de fútbol sub-20 de Burundi es el equipo representativo del país en las competiciones oficiales de fútbol de su categoría. Su organización está a cargo de la Federación de Fútbol de Burundi, miembro de la Confederación Africana de Fútbol y de la FIFA.
Hasta el momento, el seleccionado juvenil burundés nunca se clasificó a la Copa Mundial de Fútbol Sub-20. A nivel continental, jugó el Campeonato Juvenil Africano de 1997 en Marruecos, donde quedó eliminado en la primera ronda.
Algunos de los futbolistas destacados que han pasado por las filas de la selección sub-20 de Burundi son:
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