El FCI Tallinn II es un club de fútbol estonio de la ciudad de Tallin. Fue fundado en 2002 y actualmente juega en la Esiliiga, la segunda división del fútbol estonio.

El FCI Tallinn II es el segundo equipo del FCI Tallinn, club que juega en la Meistriliiga, la primera división del fútbol estonio. El equipo fue fundado en 2002 como FCI Tallinn III, pero en 2011 cambió su nombre a FCI Tallinn II.

El FCI Tallinn II juega sus partidos como local en el estadio Sportland Arena, con capacidad para 500 espectadores. El equipo ha ganado una vez la Esiliiga, en la temporada 2017.

Algunos de los jugadores más destacados del FCI Tallinn II son:

* Ragnar Klavan: defensa central que ha jugado en el Liverpool FC, el Schalke 04 y el Augsburg.
* Karol Mets: centrocampista que ha jugado en el Levadia Tallinn, el Flora Tallinn y el Víkingur Reykjavík.
* Henri Anier: delantero que ha jugado en el Flora Tallinn, el Dundee United y el Inverness Caledonian Thistle.