FC Levadia Tallinn

El actual FCI Levadia fue fundado el 22 de octubre de 1998 sobre la base de un club anterior, el FC Olümpia de Maardu, que había sido fundado en 1991 y que en aquella época militaba en la Esiliiga (segunda división). A partir de la temporada 1998 la compañía siderúrgica Levadia, propiedad del empresario Viktor Levada,​ llegó a un acuerdo de patrocinio y el equipo fue renombrado como Levadia Maardu, consiguiendo el ascenso a la Meistriliiga sin perder un solo partido.

De cara al debut en la temporada 1999, el Levadia se fusionó con el vigente subcampeón de liga, el Tallinna Sadam, para crear un equipo competitivo en el plano nacional desde el principio. Gracias a la nueva plantilla y a la dirección del exjugador Sergei Ratnikov, la entidad obtuvo un triplete de Liga, Copa y Supercopa en su primer año en la élite, siendo el primer equipo de Europa que conseguía algo así.​

A comienzos de los años 2000, Viktor Levada adquirió los derechos del KSK Vigri Tartu para reconvertirlo en el FC Maardu, que debutaría en la Meistriliiga en 2001 como Levadia Tallinn. Entre tanto, el equipo original mantuvo su localía en Maardu, a 16 km de distancia, y hubo otra franquicia de Levadia en Pärnu con menor duración (2000-2002). A pesar del evidente vínculo entre los clubes, ambos compitieron con diferente registro legal durante tres temporadas, e incluso disputaron la final de copa de 2002 con victoria del filial. La situación se resolvió en 2004: el Levadia Maardu absorbió definitivamente al Levadia Tallinn, trasladó su sede a la capital y adoptó el nuevo nombre.

La llegada en 2003 del técnico Tarmo Rüütli convirtió al Levadia en una potencia del fútbol estonio. En las seis temporadas que permaneció al mando, el equipo ganó tres ligas (2004, 2006, 2007), tres copas y disputó varias competiciones europeas sin superar las fases eliminatorias. Cuando Rüütli asumió el seleccionado nacional fue reemplazado por su ayudante Igor Prins, ganador de otras dos ligas (2008 y 2009) y la Copa de Estonia de 2010. A pesar de una crisis de resultados posterior, la entidad retomó el rumbo bajo la dirección de Marko Kristal con dos nuevas Meistriliigas en 2013 y 2014.

En 2017 el Levadia llegó a un acuerdo para absorber el FC Infonet, campeón nacional en 2016, por lo que el equipo pasaba a llamarse FCI Levadia Tallinn.​​​