Molinos El Pirata

El club fue fundado el 15 de noviembre de 2015, en el sector de Moshoqueque. El equipo surgió de la iniciativa de los asociados de la empresa G&B Molinos S. A. C., junto a amigos y vecinos del sector Moshoqueque del distrito de José Leonardo Ortíz. El nombre "Pirata" fue dado por el presidente honorario del club, Luis Guevara Bustamante, quien decidió rendirle homenaje a su hermano, quien falleció por una enfermedad que afectó su vista. Esto ya había sido tenido en cuenta previamente por la empresa en su producto "Arroz El Pirata Extra Nir", y en su Molinera "Molino El Pirata". Siendo así, se le dio este nombre también al club, lo cual le ha dado un nombre de amplia notoriedad.​

Cabe decir que previamente la empresa apoyó a Deportivo Construcción Civil durante su participación en la Etapa Nacional de la Copa Perú 2015. Luego de esta primera incursión en el mundo del fútbol, los asociados de la empresa decidieron crear así su propio club.​ El club se volvió muy popular en la temporada 2018 luego de que se expusiera, en varios medios, que llevaba a Jack Sparrow en su escudo.​​

Temporada 2016

En la Copa Perú 2016, el club inició su participación en la Liga Distrital de José Leonardo Ortiz en la que terminó siendo subcampeón.​ Posteriormente se proclamaría campeón provincial de Chiclayo​ y campeón departamental de Lambayeque.​​ De esa manera se clasificó a la Etapa Nacional.

Su participación en la Etapa Nacional de la Copa Perú empezó el 4 de septiembre de 2016 en un partido frente a San Antonio de Piura en Lambayeque. Al final de la Primera Fase de la Etapa Nacional ocupó el 14.° puesto, esto le permitió clasificarse para el Repechaje.

En el repechaje enfrentó a Racing Club de Huamachuco. El equipo de La Libertad ganó el partido de ida por 4 - 0, mientras que Pirata logró ganar la vuelta por 3 - 0 tras una suspensión por parte del equipo rival debido a las agresiones causadas por ellos mismos (dando a entender que ellos buscaban un puntaje mínimo de 4 goles para no quedar eliminados); esto generó que Pirata quede eliminado por el marcador global.

Temporada 2018

En 2018, inició su participación en la Copa Perú proclamándose campeón de la Liga Distrital de José Leonardo Ortiz,​ posteriormente fue subcampeón provincial de Chiclayo​ y campeón departamental de Lambayeque.​​ De esta manera se volvió a clasificar para la Primera Fase de la Etapa Nacional de la Copa Perú.

En la Primera Fase de la Etapa Nacional ocupó el 3.° lugar y con eso se clasificó de manera directa a la Segunda Ronda. En la Segunda Ronda Eliminatoria se enfrentó a Defensor Laure Sur con quien empató 4 - 4 en el resultado global; sin embargo logró avanzar gracias a la ventaja que tenía por haber ocupado una mejor posición que su rival en la tabla de posiciones de la Primera Fase. En la Tercera ronda su rival fue Credicoop San Cristóbal de Moquegua. En el partido de ida, jugado en Moquegua, Credicoop logró ganar por 3 - 0. A pesar de la diferencia, Pirata logró clasificarse a la siguiente etapa luego de ganar el partido de vuelta por 5 - 1.

Participación en la Final Nacional (Finalísima)

El club disputó La Finalísima de la Copa Perú 2018 junto a Santos F. C. de Ica, Alianza Universidad de Huánuco y Unión Deportivo Ascensión de Huancavelica. Tras obtener el primer lugar en el cuadrangular, el equipo logró el primer ascenso a Primera División de Perú en toda su historia.​

Temporada 2019

Ante la no continuidad del técnico campeón Juan Carlos Bazalar, la nueva directiva inició el año con la presentación de Pablo Zegarra como nuevo entrenador del club. De igual forma, en conferencia de prensa se anunció que Pirata disputaría sus encuentros de local en el Estadio Francisco Mendoza Pizarro de Olmos, cambiando de localía puesto que antes disputaban sus encuentros en el Estadio César Flores Marigorda.

El 18 de febrero, Pirata debutó en el fútbol profesional venciendo en casa por 2-1 a Real Garcilaso del Cusco. Luis Acuy marcó el primer gol de Pirata en primera división (ahora denominada Liga 1) y Carlos Canales, uno de los jugadores del plantel campeón de Copa Perú que quedaron, le dio el triunfo a Pirata. A pesar del sorpresivo triunfo, el club no pudo sostener regularidad y al cabo de 11 fechas, Zegarra fue cesado del cargo. El club empezó a pelear los últimos lugares de la tabla acumulada y algunas semanas después, Miguel Ángel Arrué terminó asumiendo la dirección técnica, para después ser reemplazado por Carlos Cortijo. Aunque el equipo había mejorado en los gramados de juego, los problemas administrativos terminaron afectando a Pirata, que terminó perdiendo 5 puntos en mesa. La situación se volvió insostenible y el 1 de noviembre el club perdió la categoría tras perder 3-0 ante Cantolao y por la victoria del Sport Boys ante FBC Melgar quedando así sin ninguna chance de poder seguir en la primera división, a falta de cuatro fechas para culminar el campeonato.

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