Juan Pablo II College

Fundación

Siendo fundado en el año 2015 por iniciativa de la misma Institución Educativa (I. E. P. Juan Pablo II College), la academia comenzó participando desde la segunda división en la Liga Distrital de Chongoyape, sirviendo para que alumnos de dicha institución formen parte de la academia deportiva, aunque posteriormente se permitió la contratación de jugadores y atletas para lograr la excelencia deportiva en la Copa Perú.​ El equipo fue dirigido en sus inicios por el director técnico Milton Pérez Cocha.​

La academia mantuvo su participación en la segunda división hasta la edición 2018, año en el cual asciende a la primera división. Participó ahí durante el año 2019 y también esperaba participar en la edición 2020, sin embargo, esta fue suspendida debido a la Pandemia de COVID-19 en Perú.

Copa Perú 2022

No sería hasta el 2022 —año en que se reanudó la competencia distrital— que el equipo tomaría importancia. Juan Pablo II College logró ser subcampeón en la primera división de su distrito, consiguiendo el acceso a la Etapa Provincial de la Copa Perú, en la Liga de Chiclayo, sin embargo el equipo llegó hasta la ronda 4, cayendo eliminado en esa etapa ante el Club Deportivo Boca Juniors de Chiclayo.​

Ascenso a Liga 2

Etapa Distrital y Provincial

Para el año 2023, Juan Pablo II College comenzó participando desde la etapa distrital, donde haría una campaña aceptable, quedando tercer puesto en su liga, lo que le daría acceso a la Etapa Provincial.​

En la Etapa Provincial, en la Liga de Chiclayo, el equipo logró superar todas las fases, venciendo a equipos como Atlético Milán de Pampa Grande, Sport Cristal de Picsi, entre otros. En la final se enfrentó ante Deportivo Lute Zaña de Chiclayo, donde cayó derrotado 2-1, sin embargo, consiguió el acceso a la Etapa Departamental al ser subcampeón de esta etapa.

Etapa departamental

En la Fase de grupos de la Liga departamental de Lambayeque, Juan Pablo II College enfrentó en el grupo D a Cruz de Chalpón, Intocables FC y Rayos X Medicina. El equipo logró el pase a los cuartos de final y enfrentó a Unión Atahualpa de su mismo distrito, donde lo venció sin problemas. En las semifinales se volvió a encontrar con Cruz de Chalpón de Motupe, donde el marcador quedó 1-1 en el global, pero Juan Pablo II College se clasificó ganando por penales 3-1. En la final se encontró con el Club Juventud La Joya, en partido único, Juan Pablo II College se quedó con el trofeo después de ganar 2-1, los goles fueron de Luis Chuna y Franco Echandía.​

Etapa Nacional

En la fase regular, Juan Pablo II College consiguió 10 puntos, con 2 victorias y 4 empates, adjudicándose de la posición 19 y accediendo a los dieciseisavos de final.

Para la última fecha de la fase regular del torneo, Edwin Zelada (entrenador) decidió no continuar al mando.​ Así Juan Pablo II College contrató al D.T. Daniel Valderrama para tomar las riendas del equipo con la misión del ascenso.​

Fase Final

En los dieciseisavos de final se encontró con Deportivo Huracán de Lima, en el partido de ida, jugado en Chongoyape, empató 1-1, sin embargo, se le otorgó la victoria a Juan Pablo II College por 3-0 tras presentar un reclamo por la alineación indebida de un futbolista en el equipo de Deportivo Huracán. En la vuelta hubo muchos goles, Juan Pablo II College lo venció 5-4, así quedando el global 8-4 a favor.

En los octavos de final, el equipo se enfrentaba al Nuevo Unión Tarapoto FC. Durante la ida Juan Pablo II College ganó con un ajustado 2-1, mientras que en la vuelta no hubo diferencias, quedando 0-0.

El partido definitivo vendría en los Cuartos de final, ya que daría el ansiado ascenso a la Liga 2 2024. En esta ronda los partidos se jugaron en Lima y tocaba enfrentar al Club Diablos Rojos de Juliaca, jugado en el Estadio Iván Elías Moreno de Villa El Salvador. Juan Pablo II College comenzó con pie derecho el partido, Eduardo Burga marcó el primer gol al minuto dos, posteriormente, al minuto 25 volvió a marcar, firmando su doblete. El juego fue parejo y aunque parecía consumado, Diablos Rojos marcaba el 2-1 al minuto 90 del partido, sin embargo no le alcanzó para la paridad. Juan Pablo II College logró el ascenso a la Liga 2 y el pase a las semifinales de la Copa Perú, consiguiendo el primer objetivo.​

Para las semifinales del torneo, enfrentó FC San Marcos de Ancash. El partido fue muy parejo, terminando en un empate 2-2. En los penales, FC San Marcos fue efectivo, ganando 6-5. Así terminando con la participación de Juan Pablo II College en la Copa Perú 2023, consiguiendo el objetivo del ascenso.​