La selección de fútbol de Uganda es el equipo representativo del país en las competiciones oficiales. Es dirigida por la Federación de Asociaciones de Fútbol de Uganda. Es una selección perteneciente a la Confederación Africana de Fútbol. Su jugador más ilustre es el defensor Ibrahim Sekagya, quien pasó por el fútbol de Primera división de Argentina, Austria y la liga profesional de los Estados Unidos. Aparece en la lista de los grandes emblemas de su seleccionado.
La selección de Uganda disputó su primer partido internacional el día 1 de mayo de 1926 frente a la selección de Kenia, partido el cual terminó empatando 1:1 frente a esta última. sin embargo no participó en la copa continental hasta 1962. En 1962 participó en la Copa Africana de Naciones 1962 donde solo participaron 4 equipos por lo cual el seleccionado ya estaba clasificada a semifinales, en la cual cae derrotado por 1:2 a manos de República Árabe Unida, para el partido por el tercer lugar la selección vuelve a caer, esta vez 0:3 frente a Túnez.
En 1974 participaron en la Copa Africana de Naciones 1974 donde no superó la primera ronda tras su derrota de 1:2 frente a Egipto, para luego conseguir un 2:2 frente a Costa de Marfil y por último perder por la mínima frente a Zambia. Dos años después fue nuevamente partícipe de la Copa Africana, para empezar la copa perdiendo 0:2 a manos de Etiopía, luego perder 1:2 frente a Egipto, para terminar la fase de grupo volviendo a perder 1:2 frente a Guinea.
En el año 1978 nuevamente se hizo parte de la Copa Africana en la cual debuta superando por 3:1 a Congo, para luego caer derrotado 1:3 frente a Túnez y ya para terminar la fase de grupos golea por 3:0 al seleccionado de Marruecos. En semifinales logra un 2:1 frente a Nigeria dando su paso directo a la final, sin embargo la selección de Uganda pierde el título al caer derrotado de 0:2 Ghana.
En el año 2016 logran conseguir la clasificación a la Copa Africana tras 39 años de ausencia al vencer 1:0 a Comores. Ya en el año 2017 vuelven a competir en el grupo D, grupo que comparten junto a Ghana, Egipto y Mali. En su primer partido ante Ghana cayeron por 1:0 con un tanto de penal de André Ayew. En el partido ante Egipto volvieron a perder por 1:0 y el gol lo marcó Abdalla El Said Bekhit. Ya en el tercer y último partido ante Mali obtuvieron su primer y único punto en el certamen al empatar 1:1 con goles de Bissouma para Mali y Farouk Miya para Uganda. El grupo finalizó con Egipto en el primer lugar con 7 puntos, Ghana segundo con 6 unidades, Mali tercero con 2 puntos y Uganda último con una sola unidad. Los dos primeros lograron acceder a los cuartos de final de la competencia.