El equipo de fútbol Xánthi F.C sub-20 es la sección juvenil del club griego de fútbol Xánthi F.C. El equipo compite en la Superliga Sub-20 de Grecia, la máxima categoría juvenil del fútbol griego.

El Xánthi F.C sub-20 ha sido campeón de la Superliga Sub-20 en dos ocasiones, en las temporadas 2015-16 y 2016-17. También ha sido subcampeón en tres ocasiones, en las temporadas 2012-13, 2013-14 y 2014-15.

El Xánthi F.C sub-20 ha participado en la Liga Juvenil de la UEFA en tres ocasiones, en las temporadas 2015-16, 2016-17 y 2017-18. En su mejor participación, en la temporada 2016-17, el equipo llegó a los octavos de final, donde fue derrotado por el Manchester City F.C.

El Xánthi F.C sub-20 ha sido un equipo muy exitoso en los últimos años, y ha producido varios jugadores que han llegado a jugar en la selección absoluta de Grecia. Algunos de los jugadores más destacados que han pasado por el Xánthi F.C sub-20 son Anastasios Bakasetas, Tasos Douvikas y Giannis Gianniotas.