El FC Zlín sub-21 es un equipo de fútbol juvenil checo con sede en la ciudad de Zlín. Es la sección sub-21 del FC Zlín, que actualmente juega en la Primera Liga de la República Checa, la máxima categoría del fútbol checo.

El FC Zlín sub-21 compite en la Liga Juvenil Checa, la máxima categoría del fútbol juvenil checo. El equipo ha ganado la liga en dos ocasiones, en las temporadas 2010-11 y 2012-13. También ha ganado la Copa Juvenil Checa en una ocasión, en la temporada 2011-12.

El FC Zlín sub-21 ha representado a la República Checa en varias competiciones internacionales, incluida la Liga Juvenil de la UEFA. El equipo llegó a los cuartos de final de la competición en la temporada 2012-13.

El FC Zlín sub-21 es un equipo talentoso que ha producido varios jugadores que han pasado a jugar en el primer equipo del FC Zlín y en otras ligas europeas. Algunos de los jugadores más destacados que han salido de la cantera del FC Zlín sub-21 incluyen a Tomáš Kalas, Ondřej Čelůstka y Libor Kozák.