Matsumoto Y FC

Primeros años (1965-2004)

El equipo fue fundado en 1965 por un grupo de futbolistas aficionados de la prefectura de Nagano y en un principio se llamó Yamaga Football Club, en referencia a una cafetería cercana a la estación de tren de Matsumoto donde los jugadores se reunían. Durante varios años fue uno de los contendientes más fuertes de la liga regional de Hokushin'etsu, proclamándose campeón en 1985 y subcampeón en las ediciones de 1979 y 1989.​

El club experimentó un cambio notable en la década de 2000, con la inauguración del estadio de Matsumoto. En un principio estaba previsto que sirviera para la Copa Mundial de Fútbol de 2002, pero al establecerse una organización conjunta con Corea del Sur, Matsumoto dejó de ser una posible sede y solo se utilizó para sesiones de entrenamiento.​

Matsumoto Yamaga (2005-actualidad)

Para que no cayera en desuso, la ciudad desarrolló un plan para profesionalizar la entidad y la organización sin ánimo de lucro Alwin Sports Project tomó el control.​ El club modificó su nombre en 2004 por el de Matsumoto Yamaga F. C. y se marcó la meta de ascender a la Japan Football League (JFL). Además, consolidó una sólida base de aficionados.​

En 2009, ganó la Copa Nacional Amateur Japonesa y pudo jugar la promoción de ascenso a la JFL, donde fue campeón. Ya en la tercera categoría, se convirtió en 2010 en "miembro asociado de la J. League" para poder optar a las categorías profesionales, y en la temporada 2011 subió a la J2 League al finalizar en cuarta posición. La plantilla dedicó el triunfo a su compañero Naoki Matsuda, que falleció ese mismo año a causa de un infarto.​ En su debut en competición profesional, el Matsumoto Yamaga terminó en decimosegunda posición.​ En 2014 fue subcampeón de la J2 League y obtuvo el ascenso directo a la primera división por primera vez en la historia. En 2015 finalizó la temporada decimosexto en la tabla general de la J1 League y descendió a la J2 League.